生物学也是厦门大学的传统优势学科。

生物系现有教师37人，其中教授16人（院士1名，博士生导师11人），副教授13人。生物系设有动物学、水生生物学国家重点学科、现代动植物学国家“211工程”重点建设学科、生物学国家理科基础科学研究与教学人才培养基地、生物学博士后科研流动站、亚热带湿地生态系统研究教育部重点实验室、教育部寄生动物学研究室、福建省亚热带湿地生态学重点实验室以及厦门大学湿地与生态工程研究中心，设有生物科学和生态学2个本科专业，动物学、植物学、生态学、发育生物学、遗传学等5个博士和硕士招生专业。