截止2014年，南京理工大学设有机械工程学院、化工学院、电子工程与光电技术学院等14个专业学院，在66个本科专业招生；学校还建有研究生院、继续教育学院、国际教育学院，并与合作方联合创办了南京理工大学紫金学院和南京理工大学泰州科技学院两个独立学院。

学院设置南京理工大学机械工程学院南京理工大学材料科学与工程学院南京理工大学化工学院南京理工大学环境与生物工程学院南京理工大学电子工程与光电技术学院南京理工大学设计艺术与传媒学院南京理工大学计算机科学与工程学院南京理工大学国际教育学院南京理工大学经济管理学院南京理工大学能源与动力工程学院南京理工大学自动化学院南京理工大学泰州科技学院南京理工大学理学院南京理工大学继续教育学院南京理工大学紫金学院南京理工大学知识产权学院南京理工大学外国语学院南京理工大学研究生院南京理工大学人文与社会科学学院南京理工大学教育实验学院专业设置院系专业化工学院化工与制药类（高分子材料与工程专业）化工与制药类（安全工程专业）化工与制药类（材料化学专业）化工与制药类（化学工程与工艺专业）特种能源技术与工程专业化工与制药类（应用化学专业）化工与制药类（制药工程专业）自动化学院自动化专业轨道交通信号与控制专业电气工程及其自动化专业智能电网信息工程专业外国语学院英语专业日语专业材料科学与工程学院材料成型及控制工程专业材料类（材料科学与工程专业）材料类（材料物理专业）材料类（纳米材料与技术专业）能源与动力工程学院能源与动力工程专业建筑环境与能源应用工程专业武器发射工程专业新能源科学与工程专业电子工程与光电技术学院电子信息类（电子科学与技术专业）电子信息类（电子信息工程专业）电子信息类（光电信息科学与工程专业）探测制导与控制技术专业电子信息类（通信工程专业）电子信息类（微电子科学与工程专业）信息对抗技术专业计算机科学与工程学院计算机类（计算机科学与技术专业）计算机类（软件工程专业）计算机类（网络工程专业）经济管理学院工商管理类（工商管理专业）会计学（财务管理专业）经济学类（国际经济与贸易专业）会计学（会计学专业）经济学类（金融学专业）经济学类（经济学专业）工商管理类（市场营销专业）信息管理与信息系统专业工商管理类（人力资源管理专业）设计艺术与传媒学院工业设计专业广播电视学专业设计学类（视觉传达设计专业）设计学类（环境设计专业）设计学类（产品设计专业）机械类（中外合作办学（工业设计））机械工程学院测控技术与仪器专业机械类（车辆工程专业）飞行器设计与工程专业机械类（工业工程专业）机械类（机械工程专业）兵器类（武器系统与工程专业）兵器类（装甲车辆工程专业）兵器类（弹药工程与爆炸技术专业）理学院工程力学专业数学与应用数学专业土木工程专业信息与计算科学专业应用物理学专业应用统计学专业人文与社会科学学院法学专业公共事业管理专业社会工作专业环境与生物工程学院辐射防护与核安全专业环境工程专业生物工程专业截至2014年，南京理工大学拥有教职工3000余人，其中专任教学科研人员1800余人；其中两院院士10人（含双聘），德国科学院院士3人，俄罗斯工程院院士1人，“千人计划”“国家特聘专家12人，长江学者特聘教授、讲座教授11人，“国家杰出青年基金”获得者7人，“***教学名师奖”获得者3人，国务院学位委员会学科评议组成员3人（其中召集人1人）,“973”首席科学家5人，“***有突出贡献中青年专家”5人，政府特殊津贴获得者178人；“新世纪百千万人才工程”入选者11人 ，教育部“新世纪优秀人才支持计划”入选者27人 ，“江苏特聘教授”5人，国防科技工业“511人才工程”22人，江苏省“高层次创新创业人才引进计划”4人，江苏省“333高层次人才工程”137人，江苏省高校“青蓝工程”80人；教育部“长江学者和创新团队发展计划”创新团队4个 ，***教学团队5个，国防科技创新团队7个，江苏省各类创新团队9个。两院院士（全职）李鸿志 王泽山 苏哲子 杨绍卿 刘怡昕 崔向群 名称负责人名称负责人化学工程系列课程教学团队钟 秦大学数学基础课群教学团队杨孝平工业设计教学团队李亚军自动控制课群教学团队吴晓蓓武器系统与工程专业课群教学团队钱林方 重点学科截止2014年，学校拥有一级学科国家重点学科2个、二级学科国家重点学科4个（国家重点学科覆盖的二级学科总数为9个）；有5个江苏省优势学科，7个江苏省一级重点学科，7个工信部重点学科；9个***特色专业，34个江苏省品牌特色专业，4个国防重点建设专业。学位授予同期，学校设有14个一级学科博士后流动站，16个一级学科博士学位授权点，30个一级学科硕士学位授权点，具有金融硕士、国际商务硕士、社会工作硕士、翻译硕士、工程硕士、工商管理硕士（MBA）、公共管理硕士（MPA）、会计硕士、图书情报硕士、工程管理硕士等10个专业学位授予点。 重点学科级别学科国家重点学科 一级学科二级学科兵器科学与技术武器系统与运用工程兵器发射理论与技术火炮、自动武器与弹药工程军事化学与烟火技术光学工程材料学电磁场与微波技术应用化学模式识别与智能系统工业和信息化部重点学科 材料科学与工程化学工程与技术光学工程电子科学与技术环境工程高端装备设计制造与质量管理社会公共安全信息工程江苏省重点学科 光学工程机械电子工程纳米材料及相关技术通信与信息系统计算机应用技术工程热物理控制理论与控制工程工业和信息化部重点专业 信息与计算科学信息管理与信息系统车辆工程光电信息科学与工程一级学科博士学位授权点： 兵器科学与技术、仪器科学与技术、控制科学与工程、机械工程、材料科学与工程、光学工程、化学工程与技术、力学、信息与通信工程、电子科学与技术、计算机科学与技术、管理科学与工程、环境科学与工程、软件工程、数学、电子科学与技术。一级学科硕士学位授权点： 兵器科学与技术、仪器科学与技术、控制科学与工程、机械工程、材料科学与工程、光学工程、化学工程与技术、力学、信息与通信工程、电子科学与技术、生物医学工程、化学、动力工程及工程热物理、安全科学与工程、应用经济学、工商管理、图书馆情报档案管理、电气工程、土木工程、设计学、交通运输工程、物理学、统计学、计算机科学与技术、管理科学与工程、航空宇航科学与技术、环境科学与工程、软件工程、数学、电子科学与技术。博士后流动站兵器科学与技术、仪器科学与技术、控制科学与工程、机械工程、材料科学与工程、光学工程、化学工程与技术、力学、信息与通信工程、电子科学与技术、计算机科学与技术、管理科学与工程、航空宇航科学与技术、环境科学与工程。学科评估教育部第三轮全国高校学科评估结果发布，南京理工大学共有14个学科参评，3个学科排在前10位，其中，兵器科学与技术排在第1位。 代码学科名称排名代码学科名称排名0826兵器科学与技术10802机械工程290803光学工程81201管理科学与工程330817化学工程与技术100812计算机科学与技术380811控制科学与工程110835软件工程420801力学170305马克思主义理论560809电子科学与技术170502外国语言文学660805材料科学与工程23 为推进教育国际化进程，南京理工大学先后与包括世界一流大学在内的近百所海外高校建立了密切的合作关系，开展各类交流合作。经国家教育部批准，与美国卡内基梅隆大学举办了中外合作办学项目，培养机器人专业硕士研究生；与德国慕尼黑工业大学等30多所海外知名高校签署了联合培养人才协议，每年选派300多名学生到海外短期学习交流或攻读学位。南京理工大学注重与境外高水平大学和科研机构开展科研合作，先后与德国卡尔斯鲁厄理工学院建立了格莱特纳米科技研究所，与法国里尔科技大学、俄罗斯乌法航空技术大学、白俄罗斯戈梅立国立大学等多所高校和科研机构建立了联合研究中心或实验室，每年来校开展合作研究、讲学等学术交流活动的境外专家学者达400人次之多。南京理工大学于1994年成立了由多家政府机构和企事业单位组成的南京理工大学董事会，学校与董事单位形成深层次、长期稳定的合作关系，互利互惠、相互支持，实现了校企相互促进与和谐发展。为拓宽筹措办学资金渠道，凝聚各方兴学力量，学校于2006年成立了教育发展基金会，支持学校在人才培养、科学研究和社会服务领域不断追求卓越。