1、学校类别不同南方科技大学是国家出资建立的一所公立性高校，旨在探索具有中国特色的现代大学制度、探索创新人才培养模式。而西湖大学则是一所私立高校，是由国内诸多科研大牛、企业家共同建立，其借鉴的是美国加州理工大学的办学规模和斯坦福大学的办学理念。

2、教育改革、办学理念、追求不同。 南方科大朱时清提出“自主招生、自授学位，去行政化”三大口号，探索中国教育改革。西湖大学的办学理念“民办的、研究型的、有望在相对较短的时间内成为世界一流的小型综合大学”。追求其实区别不大，都是短期内成为世界一流的研究型大学。

西湖大学是非营利高端科研机构，南方科技大学是公立大学。西湖大学（Westlake University）是中国历史上第一所由社会力量举办、国家重点支持的新型研究型大学，该大学预计借鉴美国加州理工大学的规模和斯坦福大学的办学理念，秉承“高起点、小而精、研究型”的办学定位，聚焦理学、生命与健康、前沿技术等方向设立一级学科。由国家“千人计划”专家或其他顶尖人才领衔组建相关院系，首先以研究院的名义完成博士研究生的招生，偏重理工科，随后面向本科生。学校获批设立***博士后科研工作站，拥有独立招收博士后研究人员资格。南方科技大学（Southern University of Science and Technology），简称“南科大”，是国家高等教育综合改革试验校、广东省高水平大学重点建设高校，由广东省领导和管理的全日制公办普通高等学校，是深圳市创办的一所创新型大学。它的目标是迅速建成国际化高水平研究型大学。南科大以理、工、医学学科为主，兼具部分特色人文社会学科与管理学科。

1、学校类别不同

西湖大学是非营利高端科研机构，而南方科技大学是公立大学。

2、专业数量不同

西湖大学将分批规划设置生物学、生物医学工程、药学、物理学、数学、化学、基础医学、计算机科学与技术、电子科学与技术、光学工程、材料科学与工程、机械工程等12个一级学科，但主要还是集中在理学、生命与健康、前沿技术3个学科门类。随着大学的发展，西湖大学将适时设立人文社科学院和相关学科。

南方科技大学设置了18个院系中心，开设了29个本科专业。

3、创办时间不同

西湖大学的前身为浙江西湖高等研究院（成立于2016年），由清华大学副校长施一公教授、南方科技大学校长陈十一教授、中国科学技术大学常务副校长潘建伟教授、北京大学理学部主任饶毅教授等科学家发起筹建。2018年2月14日，教育部正式批复同意浙江省设立西湖大学。

2010年12月，教育部同意筹建南方科技大学。2012年4月，教育部同意建立南方科技大学，并赋予学校探索具有中国特色的现代大学制度、探索创新人才培养模式的目标。