2004年6月23日，上海市人民政府与中国科学院开始筹划在浦东共建一所研究型大学。

2005年8月19日，中科院上海分院提出将中科院上海浦东科技园（虚拟）实体化，建设科技创新基地和人才培养基地。2006年4月14日，上海市同意与中科院上海分院共建中科院上海浦东科技园（包括一所综合性科研机构和一所大学）。同年，上海市划拨1500亩土地用于科技园建设。2008年9月26日，中国科学院与上海市人民政府签订《进一步深化院市合作协议书》，决定合作建设中科院上海浦东科技园暨中科院上海高等研究院，充分利用双方的资源和优势，共同建设一所高水平的研究型大学。2010年12月26日，中国科学院上海高等研究院（筹）正式入驻中国科学院上海浦东科技园。2011年5月23日，上海市、中科院决定共同成立上海科技大学筹建领导小组和工作小组。2012年2月23日，上海科技大学筹建领导小组确定选用美国MRY事务所的校园规划方案。2012年4月28日，教育部批准筹建上海科技大学。2012年10月12日，上海科技大学免疫化学研究所揭牌成立，Richard .A Lerner教授担任首任所长。2012年10月29日，上海科技大学与加州大学伯克利分校签署合作备忘录，双方协定在今后五年开展教育、文化与科研合作。2012年11月12日，诺贝尔奖获得者Roger D. Kornberg受聘上海科技大学免疫化学研究所教授。2012年11月20日，上海科技大学iHuman研究所揭牌成立，Raymond C.Stevens教授担任首任所长。2012年12月9日至13日，上海科技大学成功举办2012年国际前沿信息科学技术研讨会。2012年12月28日，上海科技大学校园建设正式启动，标志着上海科技大学筹建工作进入了实质性阶段。2013年3月26日，诺贝尔奖获得者Kurt Wüthrich受聘上海科技大学iHuman研究所教授。2013年5月11日，上海科技大学新校区工程开工仪式在浦东科技园校园建设工地举行，标志着上海科技大学校园工程建设进入施工阶段。2013年9月3日，上海科技大学首届研究生开学典礼在中科院上海浦东科技园举行。2013年9月30日，教育部批复同意正式建立上海科技大学。2013年12月28日，上海科技大学校务委员会召开第一届第一次会议。2014年1月24日，教育部批准上海科技大学2014年本科招生方案。2014年6月18日，上海科技大学与芝加哥大学签署合作备忘录，双方协定将在科研、学术、文化教育等方面开展全面合作。2014年9月30日，上海科技大学首届（2014级）207名本科生正式开学。2015年11月30日，上海科技大学召开教授委员会第一届第一次会议。