南航三个校区的区别主要有：

1、地理位置不同。

明故宫校区位于江苏省南京市秦淮区，将军路校区位于江苏省南京市江宁区，天目湖校区位于江苏省溧阳市。

2、建设时间不一样。2019年9月5日，南京航空航天大学天目湖校区正式投入使用。南京航空航天大学将军路校区始建于1998年，1999年投入使用。南航早在1952年就已建校，明故宫校区是南航的本部校区。材料补充：南京航空航天大学前身是1952年10月创建的南京航空工业专科学校，是中华人民共和国创办的第一批航空高等院校之一。1978年，被国务院确定为全国重点大学。1981年，经国务院批准成为全国首批博士学位授予单位。2012年12月，工业和信息化部、中国民用航空局签署协议共建南京航空航天大学。2018年12月，工业和信息化部、教育部、江苏省共建南京航空航天大学。