早稻田大学现有9个学部：政治经济学部（政治、经济），法学部，第一文学部（文、史、哲），第二文学部（美术、文艺、东西方文化），教育学部（教育学、英语、国语、社会学、心理学），商学部，理工学部（理学、工学等共13个学科），社会科学部（夜间制），人间科学部（人基础科学、人类健康、体育科学）。研究生院包括8个研究科：政治学研究科、经济学研究科、法学研究科、文学研究科、商学研究科、理工学研究科、教育学科研究科、人间科学研究。12个研究中心和研究所：社会科学研究所、语言教育研究所、产业经营研究所、现代政治经济研究所、人间综合研究中心、日语教育研究中心、情报科学教育研究中心、环境保护中心。此外还有全校共同教育中心、学生活动中心、校史编辑室、戏剧博物馆等共同利用设施为全校教员和学生提供学术研究活动