1、学费大学院(研究生院)：日本国立大学院，约75.5万日元;日本公立大学院(平均)约82万日元;日本私立大学院：人文科学，约101万日元;社会科学，约103万日元;医、牙学，约109万日元;农学、药学，约115万日元。
2、学杂费一般情况下，报名费9800日元、入学金84600日元、研究料(学费)35万日元/年，共计约44万日元。
3、医疗费学生在日本留学一年以上必须入国民健康保险，缴纳额度是按照收入水平不同而缴纳。留学生一般视为无收入群体，缴纳最低额度的保险费(约2000日元左右)，看病时只需个人负担30%的医药费用。
4、住宿费日本国立大学一般设有国际交流会馆，租金低廉，多在5900～10000日元之间，因申请者多，不能保证赴日后立即入住;但可申请民间留学生宿舍，租金多在2～5万日元之间。此为一般情况，随汇率、宿舍种类有所不同。
5、交通费(1)东京地铁：成人单程票价种类有：160日元(起步价1-6公里内)、190日元、230日元、270日元和300日元;儿童单程票价种类有：80日元、100日元、120日元、140日元、150日元按乘坐距离购买。
（2）火车(东京内的JR火车的山手线yamanoteline)：130-210日元(3)新干线火车(bullettrains)：东京到大阪(tokyo-osaka)：13750日元(单程普通车厢);东京到仙台(tokyo-sendai)：10590日元(单程普通车厢);东京到广岛(tokyo-hiroshima)：18050日元(单程普通车厢)(4)巴士：成人200日元的士：起步价(2公里内)650日元。留学期内，建议最好买月票。
