每个领事馆都有一个业务覆盖范围，也就是主管那几个省的业务。福州如有日本领事馆，福建居民办签肯定只能在福州办，在广州是不会受理的。

福建户籍的学生申请赴日本留学签证要通过福建省外国机构服务中心到日本驻广州总领事馆办理。详细内容请参考如下日本驻中国大使馆的规定：1． 本馆管辖的领区是广东省，海南省，福建省及广西壮族自治区。本馆接受中国人申请签证的对象仅限于居住在上述四省的人士。非上述四省户籍者，原则上须持有所管辖的公安部门发给的暂住证。2． 中国人以外的外国人若要在本馆申请签证，必须常驻上述四省且持有当地公安局发给的一年以上的就业签证。而持《留学》的在留资格认定证明书前来申请者，则须持有当地公安局发给的学习签证。3． 居住在福建省的申请人办理赴日签证申请时只能通过本馆指定的以下两家代办机构办理，即福建省外国机构服务中心和厦门对外服务中心。厦门，漳州和泉州三市居住的申请人须通过厦门市对外服务中心办理手续，以上三市以外的申请人均须通过福建省外国机构服务中心办理。短期商务签证必须通过本馆指定的代办机构申请 。

广州办理，你那属于广州领区