正常来说文部省和入管局都要通过，入管局审核，文部省批准，再由入管局来发签证。确认电话？没听说过。只有日语学校给你打电话和面试的可能。文部省和入管局没有和你联系的必要，就是打电话来你也听不懂不是吗？！再和中介确认一下，如果现在真的有这么一项，你也不用着急，估计他们会用中文和你说话，主要可能是确认有没有你这么一个人，有没有弄虚作假，冷静一点，按照你提供资料上说的就行。即使来也就只来1次。不知道你办的是日语学校还是报的大学，如果是日语学校给你打电话，你不怎么会说日语没关系，因为你就是要到它那里学日语的。如果是大学打来的，那你的日语一定有基础，就要流利一点，用日语回答了。办在留资格人证 不太明白你指的是什么。好像你说的是在留资格认证吧！入管局审核，文部省批准，再由入管局来发签证。就是这个程序。如果出了问题，要看你的问题是什么，如果你提供的材料和证明中出了问题，那就会影响到你以后去日本了，再以留学的身份来就困难了。

你应该问代理人。代理人没让你交，你就不需要交。

如果是研究生的话，在职和存款可有可无。这个不需要担心。签证时交个在职证明就是了。

另外更主要的是，你之前在入管局是有记录的，你曾经申请过在留资格而且滞在期间无违法情况，应该是不需要你再额外递交什么材料的。

对于研究生申请的，一般是随时审理。大学院生的，一般是集中审理。这个不确定。

耐心等待即可，不会拒绝你的，放心吧。

不明白之处，请咨询你的代理人。