商学院主要有经贸系、金融系、工商系、管工系。南京师范大学商科教育起源于1902年创办的三江师范学堂理财科，有着逾百年的办学历史。2001年，为适应社会经济发展和学科建设需要，以原南京师范大学经济法政学院经济贸易系、工商管理系为主体，成立南京师范大学商学院。商学院下设4个系科：经济贸易系、工商管理系、金融系、管理科学系，1个博士后流动站，设有MBA教育中心、税务MBA中心和医药MBA学院等3个专业学位硕士教育机构。