生物工程包括三个大的方面：基因工程，细胞工程，发酵工程。制药工程的一部分属于发酵工程的范畴，但仅是其一部分，因为发酵工程也包括许多除制药以外其他方面的内容，例如制作酸奶，食品添加剂等。另外制药工程也包括人工合成的方式而不依赖发酵工程，如人工牛黄的合成等。

生物工程：基因，酶，发酵，细胞4大工程的集合。制药工程偏重于发酵工程和基因工程，而且要掌握化学知识多一些

生物工程只生物（大部分是微生物）参加的工程作业如制药、发酵等等，制药工程就是字面意思。有生物制药，也有普通制药。所以两个名词只是两个有重叠部分的圆..

这里主要讲解：生物工程专业和制药工程专业的区别

培养方向不同

A 生物工程，本专业培养德智体美全面发展，适应市场经济体制和改革开放需要，掌握现代生物工程技术及其产业化科学原理、工艺过程和工程设计等基本理论，基本技能，能在保健品、制药等领域从事生产、产品技术研究开发、质量检测和企业管理的高级应用型技术人才

B 制药工程：本专业培养具备制药工程方面的知识，能在医药、农药、精细化工：和生物化工等部门从事医药产品的生产、科技开发、应用研究和经营管理等方面的高级工程技术人才。

就业方向

A 生物工程：本专业学生毕业后可适宜于医药、食品、环保、商检等部门中生物产品的技术开发、工程设计、生产管理及产品性能检测分析等工作及教学部门的研究与教学工作

B制药工程：本专业学生毕业后可从事医药产品的生产、科技开发、应用研究和经营管理等方面工作。

从上文可以看出，生物工程专业学习的比较广，可以从事食品和药品的研发工作，制药工程主要就是针对医药类。但是医药类行业是钻研的很深的专业，所以在医药口上，制药工程专业就业更好些。