学校2004年获批成立研究生院，学科综合实力显著提升。

全校现有22个学院，59个本科专业，204个硕士学位点，24个一级学科硕士学位点，151个博士学位点，设有研究生院。有马克思主义理论、教育学、中国语言文学、历史学、数学、化学、地理学、生物学、环境科学与工程、哲学、应用经济学、政治学、心理学、体育学、外国语言文学、艺术学、物理学等17个博士学位授权一级学科。教育学、中国语言文学、历史学、应用经济学、数学、化学、生物学和地理学、 政治学、马克思主义理论、环境科学与工程、理论经济学等12个学科设有博士后科研流动站。有教育博士专业学位博士点，教育硕士、公共管理硕士、体育硕士、汉语国际教育硕士、工程硕士、翻译硕士、艺术硕士、工商管理硕士、法律硕士等9个专业学位硕士点，同时招收高等学校教师在职攻读硕士学位研究生。有教育学原理、世界史、细胞生物学、生态学、思想政治教育等5个国家重点学科。基础教育改革与发展重大问题，全球视野下的亚欧美文明及其互动关系，真核生物基本生命活动和人类疾病的分子细胞生物学，我国东北草地、湿地生态过程、功能及修复技术基础，东北地区人地关系的时空过程研究及其成果应用，多酸及光发射材料与应用，当代中国思想政治教育若干重大问题，问题驱动下的应用统计学等8个“十一五”“211工程”重点学科建设项目。21个“十二五” 吉林省一级学科优势特色重点学科；历史、中文、生物等3个学科是国家文科、理科基础学科人才培养和科学研究基地。我学科点覆盖了除军事学和医学以外的11个学科门类，形成了综合性学科格局。