化学系始建于1926年，1952年院系调整中，原来的复旦大学、浙江大学、交通大学、同济大学、沪江大学、大同大学及震旦大学等校的化学系合并成现在的复旦大学化学系。

化学系是化学一级学科博士学位授权点之一，还设有化学博士后流动站。无机化学、分析化学、有机化学和物理化学四个学科均能招收博士和硕士研究生。其中物理化学是国家重点学科和“985”计划的“重中之重”学科，物理化学实验室是国家专业实验室，无机化学是学校重点学科。