一本二本三本的本质区别如下：

1、录取批次不同：一本二本三本是指高考后本科录取的三个批次，一本是第一批录取的本科大学，一般是重点院校；二本是第二批录取的本科大学，一般是普通本科院校；三本是第三批录取的本科大学，一般是民办高校。

现在一些省份还把二本和三本合并录取，取消了三本。

2、办学范畴不同：一本是公办范畴；二本多数是公办范畴，兼具少数民办；三本一般是独立学院，一般都是民办高校。补充材料：大学本科是指高等教育的基本组成部分，一般由大学或学院开展，极少部分高等职业院校已经开展应用型本科教育。本科教育重于理论上的专业化通识教育，应用型本科侧重于应用上的专业教育和实际技能教育。本科生成绩合格并被准予毕业后，可获本科毕业证书和学士学位证书。根据高考要求的录取批次的不同，本科划分为本科提前批、本科一批、本科二批和本科三批，部分省市本科一批、本科二批和本科三批合并统一录取，不再划分录取批次。这些录取批次同属于一个层次和学历（即本科学历层次）。