医学信息工程专业的就业前景很好，毕业生可到医疗卫生部门、医疗器械设计与生产部门及其他企事业单位从事各类信息系统和计算机软件系统的应用、设计、开发、维护和评测等工作；也可在医药研究机构、医药高等院校从事科学研究和教学工作。

毕业生主要面向电子信息和医学信息类的科研院所、医药卫生单位、生物医学电子信息企业等，从事科研、开发、应用设计制造及设备管理和销售等方面工作，亦可从事生物医学信息工程、医学仪器设备研发的高新技术企业，以及其它电子、计算机、信息、生物等领域的高新技术企业、高等院校、科研单位、商检等部门。此外，还可以在政府医药卫生部门，各级各类医疗机构、社会医药相关事业机构、医药软件开发企业、研究机构、医药企业等部门求职。