南京医科大学有二十多个本科专业，主要有：五年制预防医学、五年制医学影像学、五年制临床医学、五年制临床医学（儿科医学）、五年制临床药学、五年制口腔医学、五年制基础医学、四年制应用统计学（生物统计学）、四年制英语、四年制医学检验技术、四年制药学、四年制眼视光学、四年制卫生检验与检疫、四年制生物医学工程、四年制生物信息学、四年制康复治疗学、四年制护理学、四年制公共事业管理（医药贸易与管理）、四年制公共事业管理（卫生事业管理）、七年制临床医学、七年制临床医学（影像医学与核医学）、七年制临床医学（临床病理诊断学）、七年制临床医学（儿科医学）、七年制口腔医学、六年制公共事业管理（卫生事业管理与法学）、六年制法医学（医学司法鉴定）