简单地说，是因为该宗教组织投资的结果（所谓谁投资，谁受益），是该宗教组织作为办学的投资方；详细点说，是教育政策、政教关系的背景使然，即首先是该地政府和教育部门（或在法律层面）允许宗教团体办学，而教育行政部门将其纳入相关计划，承认其学历和文凭。就是说，虽然是某某宗教学院，其教学和教师均遵守一般高校的规定和要求，包括课程设置。即符合一般的学术要求和该宗教团体的期望。如香港中文大学崇基学院，据说该院人事独立、经费独立，但招生与课程设置、学历学位等教学管理遵守大学规定。大约如此。中国（大陆）也有宗教院校，隶属各宗教团体，受宗教局院校处主管。

有部份有西方宗教背景的学校是会要求学生得受洗，甚至家人要受洗才能进去读有宗教学校只是因为那些学校是由宗教背景的团体开办的道教和佛教的学校都没有强迫要求要信，但有些仪式一定要一起参与而香港会考是有宗教学的，我当年不是念宗教学校，详情不知，但很多同学都说宗教学要拿高分不难没宗教背景的学校有的是商业团体办的，有的是政府办的香港中小学主要分为官立＝政府办，官津＝政府给予一定的补助，私立＝私人团体，政府没有补助这三个类，另外还有为照顾特殊需要的学童而设的特殊学校