南京大学，拥有江苏省会计学省级重点学科，会计专业硕士是国家两个示范试点高校之一（另一个为中央财经大学），拥有博士点；南京财经大学，会计学专业为江苏省首批品牌专业、江苏省重点建设学科，拥有硕士点；南京审计学院，会计学专业为江苏省重点建设学科。

而至于南京航空航天大学、河海大学、南京农业大学，会计专业也都有一定影响力。