二十世纪六十年代初，国家总理周恩来和外长陈毅决定创办外国语学校。

1963年，上海、北京、天津、南京等八所外国语学校成立。江苏省教育厅受教育部的委托，负责在南京筹办南京外国语学校 。1990年，南京外国语学校被评为江苏省重点中学。1999年，南京外国语学校开始对本部和分部校园进行改造。2002年，南京外国语学校首开中加班，这也是南京市第一个由公办高中开设的国际班 。2006年，南京外国语学校通过剑桥大学国际考试委员会（CIE）的检查和审批成为其国际考试中心（注册号CN545），学校开设“剑桥国际高中课程实验班”，引进剑桥高中课程（GCE A-Level） 。2007年，南京外国语学校开办新南威尔士大学预科项目（中澳预科班） ；同年10月，该校体育馆建成，并举行落成典礼 。2003年，南京外国语学校创建仙林分校。2009年，南京外国语学校本部和分部校园改造全面竣工 。2012年，南京外国语学校开办河西分校以及南京市浦口外国语学校 。