入管局不是死人房，他们看出勤的目的不是卡在留，而是通过这种方式打击非法超时打工或者其他非法滞在行为的。正常情况申请休学、又能出具证明表明可以继续在日本继续学业的，是会给你更新的。但是具体的还请直接去问，学校所说也有道理。休学时间上也要科学考虑。

你现有的出勤率好吗？还是暂时性退学吧，因为语言学校不是大学不能休学。你先安心回国看病，把诊断证明都留好，再次申请时提交给入国管理局正当的就诊理由，就可以了。再次申请的时候，材料要和第一次一致。退学的时候和老师要回来吧，如果你想再次到这个学校留学，放在那也可以。