参考教育部官方2012年学科评估结果，生物医学工程类专业排名前列的大学如下：

东南大学

东南大学生物工程是东南大学基础医学院依托东南大学强势工科、基础医学院优势生物学科精心建设的四年制本科专业，授予工学学位。

本专业的培育目标是培养高素质生物科技创新人才，生物研究领域的专业精英、生物技术企业的高级研发人员。本专业学生应系统了解现代生命科学知识，掌握较为广泛的生物科学基本知识和实验技术，具有一定的工程学基础，德、智、体等方面全面发展的创新型科学技术人才，能在理、工、农、医等生物工程相关领域从事应用研究、技术开发等工作，具备进一步深造和发展潜力的高级专门人才。

本专业充分利用综合型大学学科齐全的优势，并在课程设计、师资队伍建设、教学模式改革、管理机制等多方面进行综合改革，形成一套较为完整的、具有特色的"个性化生物工程优秀人才培养体系"。本专业拥有一支结构合理、教学水平高和科研能力强的师资队伍，包括多名"长江学者奖励计划"特聘教授、973首席等在内的不同学科的知名专家教授。利用雄厚的师资力量，为学生配备学习型和研究型双导师，本科四年全程实施个性化培养模式，根据学生的兴趣和自身优势，确定个性化培养方案，将学生培养成既有扎实的专业基础，又有突出地科研与创新能力的生物工程优秀人才。