多伦多大学下设的院系主要有语言学系、英语系、意大利语系、斯拉夫语言文学系、社会科学系、历史学系、哲学系、经济系、人类学系、天文学系、植物学系、化学系、计算机科学系、美术系、东亚地区研究系、地理系、地质系、中东地区及伊斯兰研究系、物理学系、化学系、心理学系、数学系、统计系、因尼斯学院、新学院、圣迈克尔学院、三一学院、大学学院、维多利亚学院、韦氏和学院等。

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