专业不同。简单的说就是：临床医学主要从事与病人诊疗活动有关，包括内科、外科、妇产科、儿科等工作，而基础医学主要从事医学研究工作，包括遗传学、细部生物学等工作。

如下：主要区别是培养目标不一样,也就是今后的就业方向不同.当然相应的课程设置也各有侧重. 基础医学主要到高等医学院校和医学科研机构等部门从事基础医学各学科的教学、科学研究及基础与临床相结合的医学实验研究工作。临床医学主要到医疗卫生单位、医学科研等部门从事医疗及预防、医学科研等方面工作。

基础医学和临床医学的侧重点不同，一个是研究基础学科如解剖、生理、生化、微生物等等学术性内容，临床医学是以内外妇儿、五官科、眼科、皮肤科等等临床应用学科的内容。学习的课程涵盖几乎所有的医学课程，就是两个医学专业都需要学习基础+临床课程，只是重点侧向部分课程。临床医学专业还有一年的临床实习期，这是基础医学没有的。 今后基础医学毕业一般不能作临床医生，但是临床医学毕业可以选择留校做基础医学的研究和教师。临床医学的专业学生不能选择口腔医学作为专业，这是两个不同的专业，内外妇儿科等等属于临床医学，口腔外科口腔内科口腔粘膜科口腔预防科等等都属于口腔医学专业。医学的专业大致分为临床医学、口腔医学、基础医学、预防医学这四个主要专业，就业方向完全不同。

1、专业不同

临床医学主要从事与病人诊疗活动有关，包括内科、外科、妇产科、儿科等工作，而基础医学主要从事医学研究工作，包括遗传学、细部生物学等工作。

2、就业方向不同

基础医学主要到高等医学院校和医学科研机构等部门从事基础医学各学科的教学、科学研究及基础与临床相结合的医学实验研究工作。临床医学主要到医疗卫生单位、医学科研等部门从事医疗及预防、医学科研等方面工作。

3、研究内容不同

一个是研究基础学科如解剖、生理、生化、微生物等等学术性内容，临床医学是以内外妇儿、五官科、眼科、皮肤科等等临床应用学科的内容。

学习的课程涵盖几乎所有的医学课程，就是两个医学专业都需要学习基础+临床课程，只是重点侧向部分课程。临床医学专业还有一年的临床实习期，这是基础医学没有的。

4、培养目标不同

基础医学培养适应医药卫生事业现代化建设和适应现代生物医学科学技术和现代高等医学教育事业发展所需要的，具有较全面的综合素质的，有扎实的理论知识基础的，有较强的创新精神和实践能力的，有较大的发展潜能的。

德智体全面发展的生物医学高级科研人才和基础医学专业教师，能够胜任高等医药院校、医药卫生科研机构及有关实验室工作的科研、教学等工作。

临床医学培养适应医药卫生事业发展需要的，具有宽厚扎实理论知识基础的，有熟练临床工作能力和独立临床科研工作能力的，有较强的创新精神和实践能力的，有较强的发展潜能的，德智体全面发展的，高素质临床医学高层次专门人才。

参考资料：百度百科——基础医学

参考资料：百度百科——临床医学