北京大学药学院始建于1941年引，原名为北京大学中药研究所，1943年以此为基础建立了北京大学医学院药学系，设本草专业和制药专业；1952年医学院独立建院，随之改名为北京医学院药学系，设药学、药物化学、应用化学（医药）三个专业；1985年随学校更名为北京医科大学药学院，设药学、药物化学、药理学三个专业。

2000年4月原北京医科大学和北京大学合并组建新的北京大学，随之更名为北京大学药学院。