2019年2月起，日本大使馆规定必须在办好签证后，有效期90天内去日本了。

即使三年多次签证，如果超过3个月再去，很大可能被入境审查官拒绝入境。当然也有的入境官不那么严。拒绝入境不是旅行社的责任，是你的责任。当然，你可以去找旅行社做行程变更的。