大连海事大学主要设有航海学院、轮机工程学院、船舶电气工程学院、信息科学技术学院、交通运输工程学院、航运经济与管理学院、船舶与海洋工程学院、环境科学与工程学院、法学院、外国语学院、公共管理与人文艺术学院、马克思主义学院、理学院、体育工作部、创新创业学院、继续教育学院(交通运输高级研修学院)、专业学位教育学院、航海训练与工程实践中心、航运发展研究院、留学生教育中心、国际联合学院(世界海事大学大连分校)等21个教学科研机构。
同时招收攻读学士、硕士、博士学位的外国留学生。大多数毕业生会成为我国航运事业的骨干力量。