该院历史可追溯到1909年广东劝业道陈望曾开设的农事试验场，该场于1911年春开始招收第一批林科班，学制三年，这是广东高等林业教育的起源。

1952年华南农学院成立，设立林学系。1963年经国务院批准，华南农学院林学系和湖南林学院合并成立中南林学院。1970年中南林学院再度与华南农学院合并，成立广东农林学院，下设林学系和森工系。1988年10月，经农业部和广东省委省政府批准，实行省部共建，将原华南农业大学林学系改制为华南农业大学林学院。