自莱佛士爵士抵达新加坡以来他就一直有在新加坡建立一所东南亚顶尖的、仿英国公学式学校的念头。

最初的计划是将在马六甲的英华学院（Anglo-Chinese College）搬迁到新加坡，但是原计划因种种原因始终未能实现。随着莱佛士总督任期的届满，莱佛士不得不放弃原先的计划，在新加坡重新建立一所新的学校。于是莱佛士书院于1823年6月5日奠基，1824年8月1日招收了第一批50名学生，1837年J·H·摩尔成为书院的首位校长。学校校址最早位于勿拉士苔沙路（Bras Basah Road），今天旧校舍已经不复存在，在原校址土地上建造了新加坡最高的大厦。1844年，学校又建成了一栋教学楼，在此专收女生，而这个莱佛士书院的女生部也成为日後莱佛士女中的前身。1903年，原本私立的莱佛士学院成为公立学校，而直到今天莱佛士书院依然是教育部管辖下的一所政府中学，虽然它要比其他大部分中学享有更高的自主权。但尽管成为了公立学校，莱佛士书院依然保持了许多私立学校的特色，例如学长制、寄宿制、重视体育和男女分开教学的传统。这时的莱佛士书院已经摆脱了早期资金匮乏的窘况，成为新加坡乃至东南亚顶尖的学校，甚至连泰国的国王也公派了17名留学生到莱佛士书院学习。到1930年代学校到达了一个顶峰，此时的多位校友，包括李光耀等，之後都成为新加坡的领导者。1942年新加坡被日本军队占领，莱佛士书院被日军征用为日本军营，学校也无法正常运作，这段时间可能是学校历史上最黑暗的一段。1945年11月8日，莱佛士书院借用了圣约瑟夫书院（St. Joseph Institution）的部分校舍复学，原本的校舍经过战争已经无法使用，但是很快学校在校舍修复後又重新搬回原址。战後历任的英籍校长都试图将莱佛士书院恢复到战前的辉煌，但是战後英国在其殖民地影响力的式微意味着学校的教学风格将完全改变。1958年，莱佛士书院迎来了历史上的首任亚裔校长，之後就再也没有一位英国人出任过学校校长。之後学校又再度步入了高速成长期，1962年成为新加坡平均成绩最好的学校，以後也一直保持着这样的杰出表现。1973年，在莱佛士书院150周年校庆之际，学校搬迁到格兰芝路(Grange Road)，新校舍设施一流，拥有网球场、大操场、大草坪、标准400米跑道和一个标准50米游泳池。1981年，莱佛士书院的高中部被分拆出来组建了莱佛士初级学院，莱佛士书院成为一所4年制中学，学生毕业後必须参加统考进入合适的2年制高中。1983年学校开始开办特殊教育课程，专门教育被证明为拥有高智商的学生。莱佛士书院与莱佛士初级学院共同的校门，两校的校名分别被刻在大门的两侧1990年学校再度搬迁，新校舍位于碧山（Bishan），目前学校的地址是莱佛士书院路1号，它是新加坡唯一一所其校名被用于路名的学校。1992年新的学校宿舍在校园内完工，学生可以申请住读，宿舍也可提供给外国留学生居住。1992年莱佛士书院被新加坡《海峡时报》评为新加坡最好的中学，1993年起新加坡教育部公布官方的中学排名，学校一直保持着第一名的头衔，除了1996年以微弱的差距屈居第二。前校长王斯芸也是一名莱佛士书院校友。现任校长郑丽增。