自费外籍留学生的接纳制度，会因留学生希望到本科各院系还是研究生院学习而有所不同。
根据本科生的接纳制度，可报考攻读正规课程的本科生，也可以本科各院系研修生身份入学。东京大学本科各院系的课程，即便是针对外籍留学生的讲课，也大多使用日语。留学生有必要充分考虑到这一点，在入学前掌握一定程度的日语。
（1）攻读本科各院系的正规课程东京大学的正规课程，分为所有院系共通的公共课的前期课程以及各个院系特有的专业课的后期课程。前期课程教育在驹场校园进行，为时两年，后期课程教育在位于本乡校园的各个院系进行，为时两年，在校学习时间共计四年，修满规定学分后则被授予学士学位。不过，医学系医学研究科、农学系兽医研究科以及药学系的后期课程为四年，在修满规定学分后将被分别授予“学士(医学)”、“学士(兽医学)”以及“学士(药学)”的学位称号。 有关入学途径和其他日本人一样参加普通遴选考试，参加以外国学校毕业学生为对象的特殊遴选考试。希望入学的人士，可以选择上述两种方法中任意一种。正规课程的入学时间为4月。
（2）以本科各院系研究生身份入学就读本科各院系研究生是为欲在本科各院系进行专业领域相关研究的人员而设立的制度。本科各院系研究生在研究期满结束以后，不被授予任何学位或资格。报名资格本科各院系研究生报名资格，原则上为大学毕业生，或已屡修完16年学校教育课程。但是，在有些院系，修满14年学校教育课程者(相当于日本的大专)也可提出入学申请。遴选考试方法根据所提交的材料进行遴选。有些院系可能会在报名者来日后进行口试或笔试。
