独立学院与大学内部学院的重要区别还在于其独立性。

独立学院有独立的校园和基本办学设施，实施相对独立的教学组织和管理，独立进行招生，独立颁发学历证书，独立进行财务核算，应具有独立法人资格，能独立承担民事责任。独立学院还按国家有关教育事业统计工作的规定，独立填报《高等教育基层统计报表》。在性质上是一所完全独立的院校，与所属的大学关系并不大。中华人民共和国教育部直属高等学校，是中央部属高校的最大一个系列，目的是在探索改革上先走一步，在提高教学、科研和服务社会方面发挥示范作用。经过世纪之交全国高校管理体制的调整，一批实力较强、学科特色鲜明的高校划归教育部管理，目前教育部直属高校总数为75所。建国以来国家历次所确定的重点大学多为目前教育部的直属高校。