挂科不会影响你申请澳洲硕士的，学校最后出成绩单一般都会显示你补考后的成绩，申请学校看的是平均成绩，你最好保证你的平均成绩，而不仅仅是专业课成绩好。

澳洲研究生申请流程一、申请大学所需材料1.大学申请表。Application Form2.本科的学位证，毕业证，所学科目表，各科成绩单。3.近期雅思成绩。（通常大部分澳洲硕士学科要求平均成绩不低于6分，商科及优秀大学要求成绩为6.5或者7）二、申请签证所需材料(获得大学OFFE，支付了大学费用后，将获得大学COE，之后可以开始申请签证1.近期雅思成绩。（总分不低于5分，如果未达到大学要求分数，需提供语言学校的OFFER)2.大学COE (confirm of enrollment)3.资金证明4.亲属公证5.签证申请表（内附材料清单）6.体检表