截至2014年，学校设有15个专业学院，在52个本科专业招生。

院系设置南京航空航天大学航空宇航学院南京航空航天大学外国语学院南京航空航天大学能源与动力学院南京航空航天大学航天学院南京航空航天大学自动化学院南京航空航天大学计算机科学与技术学院南京航空航天大学电子信息工程学院南京航空航天大学国际教育学院南京航空航天大学机电学院南京航空航天大学继续教育学院南京航空航天大学材料科学与技术学院南京航空航天大学经济与管理学院南京航空航天大学民航学院（飞行学院）南京航空航天大学人文与社会科学学院南京航空航天大学理学院南京航空航天大学艺术学院专业设置航空宇航学院飞行器设计与工程飞行器环境与生命保障工程土木工程建筑环境与设备工程工程力学（钱伟长班）能源与动力学院飞行器动力工程热能与动力工程车辆工程自动化学院自动化电气工程与自动化测控技术与仪器生物医学工程探测制导与控制技术电子信息工程学院电子信息科学与技术电子信息科学与技术（微波毫米波系统与器件技术）信息工程微电子学机电学院机械工程及自动化飞行器制造工程（航空维修工程与技术）工业设计飞行器制造工程材料科学与技术学院材料科学与工程应用化学核技术民航（飞行）学院交通运输（空中交通管理与签派）交通运输（民航运输管理）飞行技术交通运输（机场工程与管理）交通运输（民航电子电气工程）航空器适航技术交通运输（民航机务工程）理学院信息与计算科学光信息科学与技术应用物理学经济与管理学院信息管理与信息系统国际经济与贸易工业工程金融学电子商务会计学市场营销工商管理管理科学与工程人文与社会科学学院法学公共事业管理政治学与行政学外国语学院英语（民航业务）英语（国际贸易）日语艺术学院广播电视新闻学音乐表演（歌舞）艺术设计戏剧影视美术设计航天学院信息工程（航天信息应用）探测制导与控制技术（航天）空间科学与技术信息工程（航天电子信息技术）计算机科学与技术学院软件工程计算机科学与技术信息安全物联网工程继续教育学院SQA HNDTAFF 截止2014年，学校有硕士一级学科授权点35个、博士一级学科授权点15个、博士后流动站14个；拥有航空宇航科学与技术、力学一级学科国家重点学科2个，二级学科国家重点学科9个，国家重点（培育）学科2个，国防特色学科15个，江苏省重点学科14个。***重点学科航空宇航科学与技术 、飞行器设计、航空宇航推进理论与工程、航空宇航制造工程、人机环境与工程、力学、 一般力学与力学基础、固体力学、流体力学、工程力学、机械制造及其自动化、导航、制导与控制（培育）、电力电子与电力传动（培育）。江苏高校优势学科及一级学科省重点学科江苏高校优势学科“十二五”一级学科省重点学科备注力学力学航空宇航科学与技术航空宇航科学与技术机械工程机械工程“十一五”一级学科省重点学科电气工程电气工程“十一五”一级学科省重点学科物联网与控制技术控制科学与工程“十一五”一级学科省重点学科信息与通信工程计算机科学与技术光学工程仪器科学与技术材料科学与工程交通运输工程管理科学与工程“十一五”一级学科省重点学科5个12个4个一级学科博士授权点： 航空宇航科学与技术、光学工程、交通运输工程、电气工程、仪器科学与技术、信息与通信工程、力学、机械工程、计算机科学与技术、控制科学与工程、动力工程及工程热物理、材料科学与工程、数学、管理科学与工程、软件工程。一级学科硕士授权点：航空宇航科学与技术、光学工程、交通运输工程、电气工程、仪器科学与技术、信息与通信工程、力学、机械工程、计算机科学与技术、控制科学与工程、动力工程及工程热物理、材料科学与工程、数学、管理科学与工程、美术学、设计学、统计学、软件工程、安全科学与工程、化学、外国语言文学、法学、公共管理、应用经济学、工商管理、物理、土木工程、车辆工程、生物医学工程、环境科学与工程、兵器科学与技术、电子科学与技术、核科学与技术、化学工程与技术 、系统科学。专业学位硕士授权点： 建筑与土木工程、航空工程、机械工程、动力工程、控制工程、航天工程、车辆工程、仪器仪表工程、电气工程、兵器工程、管理科学工程、生物医学工程、集成电路工程、电子与通信工程、工业设计工程、材料工程、化学工程、核能与核技术工程、环境工程、光学工程、交通运输工程、金融工程、项目管理工程、工业工程、物流工程、会计、工程管理、社会工作、公共管理、音乐、戏剧、广播电视、舞蹈、美术、艺术设计、英语、日语、计算机技术、软件工程、工商管理。博士后流动站： 航空宇航科学与技术、光学工程、交通运输工程、电气工程、仪器科学与技术、信息与通信工程、力学、机械工程、计算机科学与技术、控制科学与工程、动力工程及工程热物理、数学、管理科学与工程、软件工程。南京航空航天大学两次教育部学科评估结果比较学科名称2008(名次/参与学校）2012(名次/参与学校）2008得分2012得分航空宇航科学与技术3/135/118481力学5/416/398581交通运输工程8/2313/257074核科学与技术9/9未参评65机械工程12/7010/1027882电气工程15/2412/417174控制科学与工程19/5117/837575计算机科学与技术38/7033/1206770材料科学与工程37/6933/986772信息与通信工程32/4125/746871管理科学与工程27/5214/1027178应用经济学24/68未参评66数学43/61未参评65物理学44/55未参评64软件工程未参评16/10673截止2014年，学校累计获得***教学成果奖15项、全国优秀博士学位论文6篇、全国优秀博士学位论文提名15篇；有***精品课程11门，国家精品视频公开课建设项目3个，***特色专业（建设点）6个，工信部重点专业8个，国防重点专业和紧缺专业（方向）9个。***精品课程主讲人自动控制原理胡寿松物理与艺术施大宁电子线路王成华工程图学刘苏飞行器总体设计与系统工程昂海松材料力学邓宗白机床数控技术游有鹏灰色系统理论刘思峰马克思主义基本原理概论王岩大学英语吴鼎民工程训练周燕飞高等数学唐月红 省级精品课程主讲人微机原理与应用吴宁机床数控技术游有鹏大学物理施大宁理论力学陈建平工程流体力学张堃元灰色系统理论与应用刘思锋材料力学邓宗白传热学吉洪湖电路潘双来机械原理朱如鹏大学英语吴鼎民空气动力学陆志良普通化学梅天庆会计学刘益平工程经济学李南邓小平理论与三个代表重要思想李宗植信号、系统和控制课程群胡寿松信息工程专业基础课程组王成华电力电子技术谢少军机械制造技术左敦稳物理与艺术施大宁应用统计学刘思峰马克思主义基本原理概论王岩工程训练周燕飞高等数学唐月红***特色专业省级特色专业飞行器设计飞行器制造工程电气工程与自动化飞行器环境与生命保障工程工程图学交通运输信息工程测控技术与仪器机械工程及自动化计算机科学与技术交通运输 电气工程与自动化生物医学工程工商管理信息工程热能与动力工程工业设计探测制导与控制 长空学院南航2010年申报的《人才培养模式改革》成为国家教育体制改革试点项目，学校以此次改革试点为契机，优化优秀人才培养体系，将培养目标和实践途径统一结合，建有多个优秀人才特色培养班，具体包括工科研究试验班、工程力学“钱伟长”班、中乌航天班、机类强化班、自动化学院培优班、电子信息工程学院培优班、文科强化班、飞行器动力工程培优班、材料科学与工程培优班、计算机软件培优班、适航技术培优班、理学实验班等在内的各类特色培优班。教学成果自1989年国家设立教学成果奖以来，学校共获部省级以上教学成果奖74项，其中***优秀教学成果奖17项；共获高等教育***教学成果奖15项；全国优秀博士学位论文6篇，全国优秀博士学位论文提名8篇；***精品课程11门，***优秀教学团队5个，***特色专业（建设点）6个，国防重点专业和紧缺专业（方向）9个。学校现有国家工科基础课程教学基地2个，***精品课程3门。在“周培源杯”全国大学生力学竞赛中，2000年、2004年连续两届获得全国高校团体第二名；在全国大学生数学建模竞赛、全国大学生电子设计竞赛中居于前列；在第八届、第九届、第十届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛中总成绩分别列全国高校第八位、第五位、第二位荣获团体优胜杯；在“挑战杯”全国大学生创业计划大赛、全国首届无动力飞行大赛、江苏省大学生力学竞赛、江苏省大学生非数学专业高等数学竞赛等各类竞赛中屡创佳绩。 学校先后建立了一批产学研合作研究基地；开展国际交流与合作，已与国外50多所著名高校及一批国际知名研究机构建立了长期稳定的合作关系，形成了“服务航空航天民航、服务江苏，面向全国、面向世界”的开放型办学新格局。国际科技合作形成了以俄罗斯、德国、美国、香港为四大主线带动的上自政府下自民间，纵横多种渠道的态势。对香港的科技合作始于80年代中后期。十多年来，该校充分考虑到香港的窗口作用以及香港与内地教育较好的互补性，积极主动地加强与在港高校及学术机构之间的联系，充分利用该地区优良的研究设备、充足的研究经费，结合国内重大课题和国际合作课题，有计划、有目的地派遣教学科研人员前往香港从事合作研究，培养了很多高素质的应用型人才。