建校之初，全校仅有两个教学单位，即1908年成立的美术学院和农学院。

1910年，菲律宾医科学校（成立于1907年）并入菲律宾大学，并于1923年扩大为医学院。 在建校后的头10年内，该校先后建成了医学系、工程学院、教育学院、音乐学院、法学院、文学系、兽医学系等7个院系，第二任校长是菲律宾人伊格纳西奥·比利亚莫尔（Ignacio Villamor）。他重视课程设置，希望建立一支在教学和科研领域均有竞争性的教师队伍，并逐步使他们菲律宾化。 菲律宾大学在第四任校长拉斐尔·帕尔马（Rafael Palma）执政期内（1923-1934年）发展较快。校长积极维护学术自由，但反对把大学办成与世隔绝的象牙塔。 1941年12月，菲律宾被日本占领，在第二次世界大战中，该校校舍遭到破坏，正常的教学活动受到极大影响，当时只有部分院系开课。 1945年6月，比恩韦尼多·M·冈萨雷斯博士（Bienvenido M Gonzalez）再次当选为校长后（他曾于1939年起担任第六任校长，1943年被迫辞职），开始制定搬迁校址计划。1948年12月，即在校庆40周年时，设在马尼拉市的菲律宾大学除医学院和卫生研究所外，全部迁至大马尼拉市的另一个重要城镇奎松市的迪利曼。 1953年，该校根据克拉克空军基地（全国最大空军基地）的要求，共同设立菲律宾大学克拉克空军基地学院。现开设3个本科生专业和3个研究生专业。 1968年，菲律宾大学已拥有28个学院（分散在3个校园内）和5个地方性学院（其中碧瑶学院规模最大，自1961年重新组建后，先后开设9个本科专业和两个硕士学位专业）。 1972年11月20日，当时的共和国总统马科斯下令对菲律宾大学进行重大改组，旨在将该校办成全国一流大学，同时实施统一和分散相结合的管理体制，部分学术机构获得自主权。第十一任校长萨尔瓦多·P·洛佩斯（Salvador P Lopez）博士于1969年上任后积极推行民主协商制，扩大教学和科研设施，增加教职工薪金，建立助学金制度，学校规模进一步扩大。1973年1月1日，大学董事会正式批准成立第一个分校——洛斯巴尼奥斯分校，具体落实分散管理和分校自治的机构改革方案。该分校在马尼拉以南80公里处，那里是菲律宾主要农业区和全国最大的森林自然保护区，是开展农林专业教学和科学实验的最佳地区。 1977年，大学董事会决定在马尼拉市建立保健科学中心，1979年，菲律宾大学马尼拉分校正式成立。马尼拉校园和迪利曼校园位于首都区，因此，教学和科研以人文科学、社会科学、自然科学、技术科学和医学为主。同年5月，第三个分校——米沙鄢分校宣布成立，该分校位于马尼拉东南，是渔场和水产养殖基地，因此侧重开办渔业、水产业等专业。这种因地制宜的办学方针既有利于地方和国家的经济发展，也适应各地青年的入学要求。 菲律宾大学于1979年同邦板牙省政府签署实施推广教计划，在该省省会圣费尔南多市招收本科生117名，研究生40名，本科生专业包括经济学、工商管理、心理学，硕士生专业是管理学。 1982年4月26日，既是分校又是总部所在地的迪利曼校园正式建成。 1984年，第二个推广教学点在奥隆加波市开设管理硕士学位专业。编辑本段师生截止1990-1991学年，菲律宾大学（共4个分校）共拥有51个学院，在校学生人数达33，800名。 在菲律宾，大学教师一般分为4级：助教、讲师、副教授和教授，而菲律宾大学却增设“大学教授”这一特级教授职衔。在全校3，270名教师中，“大学教授”5名，教授463名，副教授527名，讲师1，134名，助教1，141名。在教师总人数中迪利曼分校兼大学本部的教师达1450名，马尼拉分校、米沙鄢分校和洛斯巴尼奥斯分校的教师人数分别为546人、456人和818人。 菲律宾大学的学生分正式和非正式两大类，前者包括本科生和研究生，后者包括非学位生、跨校注册生和特殊学生。在全校33，800名学生中有27，177名本科生，5，918名研究生，705非正式学生。其中包括646名外国留学生。此外还有1，112名非正式外国留学生，他们大多数来自美国、英国、日本、韩国、中国、印度尼西亚、马来西亚、泰国、印度、孟加拉国、伊朗和图书资料方面，均居第一位。 迪利曼分校是菲律宾大学总部所在地，校园占地493公顷。全校共有51个学院，其中27个可授予学士、硕士和博士学位，而迪利曼拥有的可授予学位的学术机构达23个。 该分校1990-1991学年的注册学生为18，010名，约占全校学生总数的53%，其中本科生13，800人，研究生3，670人，非正式生540人。 该分校同期的各类教师达1，450名，占全校教师总数44%强，而且高水平教师居多数。现以1989年年中的统计数为例，在所有教员中，大学教授2名，教授381名，副教授455名，助教401名，教员177名。在这些教师中，332人（在总数中所占百分比为23.44%）获博士学位，624（44.07%）有硕士学位，447人（31.57%）获学士学位，13人（0.92%）有其他学衔。除此之外，还有526名兼职教师，其中171人为教授级讲师，174人是高级讲师，179人为讲师，两人为客座教授。迪利曼分校还有3，042名辅助教职人员，其中2，508人从事科学研究和推广教育，534人为专业人员。编辑本段图书馆迪利曼分校图书馆是全国第一大图书馆，由中心图书馆、21个学院图书馆和5个独立图书馆组成。1990年12月的馆藏图书达76.9万册、杂志14900种。而菲律宾大学同期馆藏图书量为116万册，马尼拉分校有图书12.5万册，米沙鄢分校为8.4万册，洛斯巴尼奥斯分校的图书拥有量为18.2万册。编辑本段学科如前所述，在菲律宾大学的4个分校中，马尼拉分校以医学为主，洛斯巴尼奥斯分校以农林学校为主，米沙鄢分校以渔业和水产养殖等专业为主，而迪利曼分校学科齐全，本身就是一所含人文科学、社会科学、自然科学、技术科学、经济管理科学在内的综合性大学。 迪利曼分校的23个有学位授予权的学术单位是菲律宾大学的缩影，并设有92个本科生专业和112个研究生专业，以下是这些机构的简况。美术学院和菲律宾大学同时诞生，除开设美术学士学位和硕士学位两个专业外，还设有绘画、雕刻和视象传播学（Visual communication）等3个毕业证书专业。工程学院创建于1910年，规模较大，9个学士学位专业是：计算机科学、化学工程、土木工程、电气工程、大地测量工程、工业工程、机械工程、冶金工程和矿业工程；9个硕士学位专业是：化学工程、土木工程、电气功工程、能源工程、环境工程、工业信息系统、机械工程、冶金工程和水力资源；博士学位专业是工程学哲学博士专业；另外还设有水力资源和工业工程毕业证书专业。法学院成立于1911年，1981年底和法学中心等学术机构建立法学联合体（下设政体与法律改革研究所、人权研究所、司法管理研究所和国际法学研究所）。该院的两个专业直接培养法学学士和法学硕士。音乐学院建于1916年，当时取名音乐学校，1968年起正式以学院建制。开设的学士、硕士学位专业分别有作曲、乐器、音乐教育、音乐学、声学，此外学士学位专业分别有作曲、乐器、音乐教育、音乐学、声学，此外学士学位专业还包括指挥，硕士学位专业包括音乐理论。音乐毕业证书专业有音乐、音乐艺术创作与表演。教育学院成立于1918年，本科生专业主要培养中小学师资；硕士学位专业包括教育学、教育艺术等，博士学位专业包括教育学和教育哲学。商业管理学院其前身是1929年成立的商业管理学校，商学士专业开办了1916年（当时由人文科学学院的经济学系主办）。两个本科生专业培养商业管理学士、商业管理与会计学士，同时还开设商业管理硕士、博士学位专业。统计中心1953年根据菲律宾政府和联合国签订的有关协议创办，现开设统计学学士、硕士和博士3个学位专业。劳工与劳资关系学院前身是1954年成立的劳工与劳资关系学校。除开设劳资关系毕业证书专业外，还设有4个硕士学位专业方向：比较劳资关系、人力资源开发，劳工—管理关系、劳工政策与管理。行政管理学院前身是1952年成立的行政管理研究所，现开设行政管理学士、硕士、博士及专业学位等专业。建筑学院建筑学专业于1956年在工程学院开办，1959年，艺术与建筑学学校成立后开设艺术与建筑学两大专业，1970年建筑学院独立建院。两个本科生专业培养建筑学士和园林建筑学士，还与家政学院共同开办室内设计学士学位专业。家政学院成立于1961年，7个学士学位专业是：室内设计、服装工艺、社区营养、食品工艺、家政学、饭店餐馆管理、家庭生活与儿童开发；5个硕士学位专业包括家庭生活与儿童开发、食品服务管理、家政学、食品科学和营养学；3个哲学博士学位专业方向是食品科学、家政学和营养学。图书馆研究所创办于1961年，但1941年由当时的人文科学学院开设图书馆学专业，1916年开始颁发学士学位，1962年始授予硕士学位。3个图书馆学专业培养图书馆管理员、学士和硕士。经济学院成立于1965年，1974年菲律宾政府创办经济开发中心后，大力资助经济学院的教学、研究和培训工作。两个本科生专业培养商业经济学士和经济学士，研究生专业则培养经济学硕士、经济学哲学博士。大众传播学院根据菲律宾共和国第4379号法令创办于1965年，现开办传播艺术学士与硕士学位两个专业以及传播学哲学博士学位专业。城市与地区规划学院1965年成立时定名为规划研究所，1974年更名为环境规划研究所，1983年取现名。该院主要从事研究生教育，设城市与地区规划硕士学位和博士学位专业。亚洲研究中心根据菲律宾共和国第5334号法令创办于1968年，其前身是1955年成立的亚洲研究所，自1967年起成为研究生教育和基础研究机构，同时也是共和国总统办公室领导的特殊研究中心的成员。开设两个硕士学位专业，即菲律宾研究（含官僚政治、外交关系、社会与文化等3个专业方向）和菲律宾研究艺术（3个专业方向同前），以及菲律宾研究哲学博士专业（3个专业方向同前）。社会工作与社区开发学院成立于1969年，社会工作和社区开发两个专业可授予学士、硕士学位和毕业证书。伊斯兰教研究所根据菲律宾共和国总统1973年11月2日颁发的法令而成立，现设伊斯兰研究学士学位和硕士学位两个专业。人体动力学学院（College of Human Kinetics）为适应体育教学、运动训练、舞蹈、娱乐等事业之需于1976年成立。体育教育专业可授予学士、硕士学位和毕业证书，另设舞蹈、运动两个毕业证书专业。亚洲旅游业研究所成立于1976年，以适应企业经理、教育者、规划者、研究者以及旅游部门的需要，主要开设旅游科学学士学位专业。艺术与文学院是1983年10月从原文理学院分离出的3个学院之一，开设的12个本科生专业是：艺术研究、比较文学、英语、英语研究、菲律宾语、菲语研究、菲律宾文学、西班牙语、戏剧艺术、戏剧语言、（Speech-drama）、欧洲语言（包括德语、俄语、意大利语、德语和西班牙语）、硕士学位专业方向是：艺术史、比较文学、英语研究、菲律宾语、菲律宾文学、菲语研究、西班牙语、戏剧语言和戏剧艺术；而哲学博士学位的专业方向则包括比较文学、英语研究、菲律宾语、西班牙文学。理学院是1983年10月从原文理学院分离出的3个学院之一，是全国自然科学和数学中心，宗旨是发展成为世界一流的亚洲教学与科学中心。理学院下设全国物理学研究所、全国地质科学研究所、海洋科学研究所、生物学研究所、自然科学研究所（除开除研究外，还从事推广教育）、数学研究室、气象学与海洋学研究室，并设有3个课题组（环境科学、科学与社会、分子生物学与生物工艺学）。院内开设7个学士学位专业（生物学、化学、地质学、教学、物理学、应用物理学、分子生物学与生物工艺学，同时还与工程学院合开计算机科学学士专业），12个硕士学位专业（应用数学、生物学、化学、物理海洋学、分子生物学与生物工艺学），以及8个哲学博士学位专业方向（生物学、化学、地质学、海洋科学、数学、气象学、物理学、分子生物学与生物工艺学）。社会科学与哲学学院是1983年10月从原文理学院分离出来的3个学院之一。该学院开设的8个学士学位专业是地理学、心理学、社会学、政治科学、哲学、语言学、历史、考古学；10个硕士学位专业除8个与学士学位专业相同外，另外人口统计学和国际研究；7个哲学博士学位专业包括考古学、历史、语言学、菲律宾研究，心理学、社会学、政治科学。学术机构迪利曼分校还拥有9个学术机构：菲律宾大学法学中心（成立于1963年）、地方政府中心（1963年）、大学计算机中心（1966年）、小企业研究所（1966年），菲律宾大学电影中心（1976年）、第三世界研究中心（1977年）、全国工程学中心（1978年）、大学综合开发研究中心（1985年）、大学妇女研究中心（1988年）。编辑本段其它机构该分校内还设有大学出版社、大学印刷厂、豪尔赫·巴尔加斯艺术博物馆、大学剧院、大学体育场等辅助机构。 菲律宾大学的最高行政管理机构是董事会，校长和分校校长均由董事长由大学校长兼任。菲律宾大学现任校长是1987年9月1日就职的第十五任校长何塞·V·阿布埃瓦（Jose V Abueva）。 菲律宾大学的行政管理机构由校长和5位副校长以及秘书组成，各副校长分别主管学术事务、公共事务、行政事务、发展与开发、计划与财政等部门。编辑本段研究机构菲律宾大学的研究工作几乎涉及人类思想及其活动的所有领域。每个学院都积极开展科学研究，既有研究机构承担的项目，又有师生共同参加的研究课题。其中值得特别介绍的研究机构如下：经济研究中心隶属经济学院，除开展经济学传统研究项目外，还特别注重研究诸如就业、收入分配、健康与营养、教育、人口等重大社会问题。为推动研究工作，该中心每周举办一次讨论会，由教师、研究生和特约人员讨论研究成果或正在进行的课题。全国水力资源研究中心根据政府水力资源局倡议成立于1973年，主要开展两方面的工作；根据物理和数学模型研究结果为规划和设计部门提供建议和咨询；加强基础研究并扩大自身的科学评估能力。该中心的室内模型实验大楼占地3500平方米，大型模拟室实验常在野外进行。除了主要的科研工作外，该中心还为工程学院的本科生和研究生开设水力资源课程，为政府机构提供培训，并承担联合国教科文组织实施的地区性培训。工业研究中心根据校董事会1954年10月的决议而创办，最初由工程学院管辖，1978年成为全国工程学中心成员。该中心主要职能是：为工业界解决技术难题；为工业部门提供特殊研究和技术开发；开发在国内外市场上有竞争力的产品和生产工艺；提供各类技术服务（如对材料、设备和生产系统的性能和安全标准的测试）。自然科学研究所成立于1983年，是全国生物学、化学、数学、气象学与海洋学等领域的研究中心，后来又将研究范围扩大至分子生物学与生物工艺学、环境科学、应用数学和材料科学。1990-1991学年正在开展的研究项目达49个，此外还开展推广教育、咨询、培训等工作。大学妇女研究中心通过跨学科的调查研究，唤醒全社会重视和关心妇女问题（如性别歧视），寻求男女机会平等、教育平等、晋升平等的途径。其它菲律宾大学作为菲律宾国著名大学之一，除开展教学和科研工作外，还为国家和社会提供各类服务，如政策论证与研讨，人类智力开发、咨询服务等。该校学者和研究人员曾于1988年参与了一项“国家现状”的科研项目，旨在对国家政治、经济、社会、文化诸方面的状况进行实事求是和权威性的评价，使国民了解和认识现状，为国家1987年新宪法提出的目标而奋斗。编辑本段学生团体菲律宾大学共有200个学生组织，既有学术机构、文化团体、社会服务社，也有联谊会（分兄弟会和姐妹会）、寄宿协会、体育团体。而学生会机构最大，发挥着重要作用。大学学生会由**、***、12名会员以及各学院学生团体代表若干人组成，下设学院学生会分会。全校有30-40%的学生参加上述各类学生组织。 在各类学生团体的组织和领导下，学生课余生活丰富多彩。 《菲律宾大学》（周报）在迪利曼分校出版，完全由学生资助和编辑发行。该报创刊于1910年，当时取名《大学新闻》。 菲律宾大学作为菲律宾大学体育协会、全国女大学生体育协会成员，经常与其他大学组队参加东南亚体育运动会和世界奥林匹克运动会的各类比赛并取得名次，如篮球、女子体操、游泳、排球、射击、举重和田径项目。 菲律宾大学舞蹈队曾在国内国际舞蹈比赛中获奖，表演项目包括现代舞、菲律宾民族舞、爵士舞和古典舞。 大学合唱团自1962年成立以来，曾先后在亚洲、北美洲（美国和加拿大）和欧洲许多国家巡回演出并受到欢迎。演出节目有歌剧、小歌剧、民歌、古典歌曲、爵士乐歌曲、美国音乐会、音乐晚会等。 菲律宾青年乐团既是演出团体又是培训机构（招收7-24岁的青少年参加乐团强化培训，效果较好），该团曾在本国和部分亚洲国家巡回演出。 其他重要文娱团体还有大学吉他演出队、大学交响乐园、戏剧团、室内音乐乐队等。