马尼拉集中了许多所高等学府，有早期建市的雅典耀马尼拉大学、德拉刹大学，也有20世纪以来建立的菲律宾大学、菲律宾师范学院、菲律宾女子大学、阿布阿拉木大学、东方大学、亚洲经济管理学院等，其中圣托马斯大学是菲律宾最古老的天主教大学，创立于1611年，浓绿的大学校园内分布着很多教堂，校舍也都是古典式建筑。

大学内附设一个博物馆，展出很多稀世珍宝，菲律宾的许多杰出人物都毕业于这所大学。马尼拉四大名校：菲律宾国立大学（2013QS世界大学最新排名301-400段第48位），德拉萨大学，圣托马斯大学和雅典耀大学。 菲律宾大学是根据菲律宾首届立法机构颁发的第1870号法令（亦称大学宪章）于1908年6月18日创办的，实际上是依靠美国人，并按照兰德公司资助大学的模式，为菲律宾人开办的一所大学。该校的第一任校长是美国人默里·巴特利特博士（Murray Bartlett）。经过85年的发展，现已是菲律宾规模最大的国立综合性大学。建校之初，全校仅有两个教学单位，即1908年成立的美术学院和农学院。1910年，菲律宾医科学校（成立于1907年）并入菲律宾大学，并于1923年扩大为医学院。在建校后的头10年内，该校先后建成了医学系、工程学院、教育学院、音乐学院、法学院、文学系、兽医学系等7个院系，第二任校长是菲律宾人伊格纳西奥·比利亚莫尔（Ignacio Villamor）。他重视课程设置，希望建立一支在教学和科研领域均有竞争性的教师队伍，并逐步使他们菲律宾化。菲律宾大学在第四任校长拉斐尔·帕尔马（Rafael Palma）执政期内（1923-1934年）发展较快。校长积极维护学术自由，但反对把大学办成与世隔绝的象牙塔。1941年12月，菲律宾被日本占领，在第二次世界大战中，该校校舍遭到破坏，正常的教学活动受到极大影响，当时只有部分院系开课。 1945年6月，比恩韦尼多·M·冈萨雷斯博士（Bienvenido M Gonzalez）再次当选为校长后（他曾于1939年起担任第六任校长，1943年被迫辞职），开始制定搬迁校址计划。1948年12月，即在校庆40周年时，设在马尼拉市的菲律宾大学除医学院和卫生研究所外，全部迁至大马尼拉市的另一个重要城镇奎松市的迪利曼。1953年，该校根据克拉克空军基地（全国最大空军基地）的要求，共同设立菲律宾大学克拉克空军基地学院。现开设3个本科生专业和3个研究生专业。1968年，菲律宾大学已拥有28个学院（分散在3个校园内）和5个地方性学院（其中碧瑶学院规模最大，自1961年重新组建后，先后开设9个本科专业和两个硕士学位专业）。1972年11月20日，当时的共和国总统马科斯下令对菲律宾大学进行重大改组，旨在将该校办成全国一流大学，同时实施统一和分散相结合的管理体制，部分学术机构获得自主权。第十一任校长萨尔瓦多·P·洛佩斯（Salvador P Lopez）博士于1969年上任后积极推行民主协商制，扩大教学和科研设施，增加教职工薪金，建立助学金制度，学校规模进一步扩大。1973年1月1日，大学董事会正式批准成立第一个分校——洛斯巴尼奥斯分校，具体落实分散管理和分校自治的机构改革方案。该分校在马尼拉以南80千米处，那里是菲律宾主要农业区和全国最大的森林自然保护区，是开展农林专业教学和科学实验的最佳地区。1977年，大学董事会决定在马尼拉市建立保健科学中心，1979年，菲律宾大学马尼拉分校正式成立。马尼拉校园和迪利曼校园位于首都区，因此，教学和科研以人文科学、社会科学、自然科学、技术科学和医学为主。同年5月，第三个分校——米沙鄢分校宣布成立，该分校位于马尼拉东南，是渔场和水产养殖基地，因此侧重开办渔业、水产业等专业。这种因地制宜的办学方针既有利于地方和国家的经济发展，也适应各地青年的入学要求。菲律宾大学于1979年同邦板牙省政府签署实施推广教计划，在该省省会圣费尔南多市招收本科生117名，研究生40名，本科生专业包括经济学、工商管理、心理学，硕士生专业是管理学。1982年4月26日，既是分校又是总部所在地的迪利曼校园正式建成。1984年，第二个推广教学点在奥隆加波市开设管理硕士学位专业。 圣多汤玛士大学创立于1611年4月28日，是亚洲地区最古老的大学也是世界上最大单一校园区的天主教大学。它是它由马尼拉第三大主教Msgr.Miguel Benavidez,O.P.,与Frs. Domingo de Nieva及Bernardo de Santa Catalina合力创办，原本是一所欲培育年轻人欲成为教士的学校。圣多汤玛士位于Walled city 内，在1624年College被公证授予神学学位、哲学学位及艺术学位，在1645年11月20日时，崇高致上的教宗提升College为University。1902年9月17日，教宗Leo(XIII)认定圣多汤玛士为”教宗大学”，在1947年，教宗Pius(XII)给予一头衔 “菲律宾天主教大学”。1927年，为延续招生，此大校园区搬移至Sampaloc的行政区内，占有面积为21公顷，校园内建筑几乎都是欧洲古代式风格，相当优美，在此校园内漫步，让人犹如置身16世纪。为了表扬彰显贵族的成就制度，许多重要的高官贵人为此职务上的参访此大学，其中，这三十几年来，参访过的有：陛下保罗六世于1970年，王子Juan Carlos于1974年，加尔各答修女院长Teresa于1977年及1984年，教宗约翰·保罗二世于1981及1995年。此校在国际上的评价相当高，有资格挤进世界上第一流大学之列，在菲律宾更是与菲律宾国立大学齐名，在菲律宾排名第五。