LZ你好！ Certification of graduation在中国通常的意义就是指毕业证和学位证，而国内的毕业证对于国外而言没有意义，这里面讲的应该是学位证。 希望能帮到你！

毕业证书和毕业证明书的效力是一样的。

通篇看下来，应该是毕业证书的原件，但是你需要翻译成日语或者英语，并且公证一下翻译文稿。

但是，如果可能，建议你到你所就读的大学教务部门去开中英文版的【毕业证明书】，来代替毕业证书的原件。（此处的可能包括：日本大学同意、国内大学能开）

你申请的是全英语授课课程？如果不是，请参考他们的日语版的募集要项，而不是英文版的。