学校发展历史源于1909年晚清邮传部上海高等实业学堂（南洋公学）船政科，是中国高等航海教育发轫地，1912年成立吴淞商船学校，1928年更名为吴淞商船专科学校，1959年交通部在沪组建上海海运学院，2004年经教育部批准更名为上海海事大学。

为更好地服务上海国际航运中心建设和国家航运事业发展，根据上海市高校布局结构调整规划，上海海事大学主体搬迁临港新城。2004年11月19日，新校建设破土动工，并于2008年10月基本建成。2009年学校研究生教育学院整体搬迁临港，并完成首届招生。现有校园占地面积133万余平方米，总建筑面积60万平方米，绿化率52%，水域面积8万平方米。新校区及其完善的功能配套设施将成为学校更好地为上海国际航运中心建设、为中国和世界海运事业发展服务的一个新的平台 。