San Francisco General Hospital and Trauma Center1873年附属于UCSF，全部医生由UCSF任命，是UCSF的主要教学医院之一。

San Francisco Veterans Affairs Medical Center有超过240名全职或兼职的UCSF医生在此工作，是UCSF住院医师的主要教学医院之一，有三分之一的UCSF医学学生在此进行临床培训。NCIRE - The Veterans Health Research Institute该研究所是一个致力于退伍军人健康的非盈利、私人机构。协同旧金山退伍军人医疗中心进行工作。J. David Gladstone Institutes该研究所是一个财政独立的、非盈利的研究机构，致力于心血管疾病、艾滋病、老年痴呆症和神经系统疾病的研究，毗邻UCSF的Mission Bay校区。其研究人员由UCSF任命并参与UCSF的教学活动，包括研究生的教学和培训。Ernest Gallo Clinic and Research Center该中心是一个致力于酗酒与药物滥用的生物学基础研究的财政独立、非盈利机构，位于加州的爱莫利维尔（Emeryville）。所有的研究人员均在UCSF部门任职并参与UCSF的跨学科的研究生课程。大多数接受赠与的资金支持来自美国国立卫生研究所（NIH）。