复旦大学现有哲学学院、外文学院、新闻学院、法学院、国际关系与公共事务学院、社会发展与公共政策学院、经济学院、管理学院、数学科学学院、生命科学学院、信息科学与工程学院、计算机科学技术学院、上海医学院、公共卫生学院、药学院和护理学院等16个全日制学院（含70个系），中国语言文学系、历史学系、文物与博物馆学系、旅游学系、艺术设计系、物理学系、化学系、力学与工程科学系、光源与照明工程系、材料科学系、高分子科学系、环境科学与工程系等12个系，以及体育教学部、社会科学基础部等公共教学部门和复旦学院。

共设有本科专业70个，一级学科博士学位授权点24个，博士学位授权学科、专业点153个（其中自设29个，专业学位1个），硕士学位授权学科、专业点225个（其中自设50个，专业学位8个），并设有25个博士后科研流动站。学校还拥有中山医院、华山医院、眼耳鼻喉科医院、肿瘤医院、妇产科医院、儿科医院、华东医院、金山医院、上海市第五人民医院、上海市公共卫生临床中心等10个附属医院。此外，学校还与有关机构合作举办了复旦大学太平洋金融学院 、复旦大学上海视觉艺术学院等2所独立二级学院。教育学校学科门类齐全，涵盖了哲学、教育学、经济学、法学、文学、历史学、理学、工学、管理学和医学等十大学科门类。现有哲学、理论经济学、中国语言文学、新闻传播学、数学、物理学、化学、生物学、电子科学与技术、基础医学、中西医结合等11个一级学科国家重点学科；金融学、产业经济学、政治学理论、国际关系、中国近现代史、历史地理学、计算机软件与理论、内科学（心血管、传染病、肾病）、儿科学、神经病学、影像医学与核医学、外科学、妇产科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、流行病与卫生统计学、药剂学、社会医学与卫生事业管理等19个二级学科国家重点学科，被重点学科覆盖的二级学科总数达86个，居全国第三位。学校现有中国语言文学研究所、中国社会主义市场经济研究中心、美国研究中心、历史地理研究所、人口研究所、世界经济研究所、金融研究院、数学研究所、现代物理研究所、遗传学研究所、上海市心血管病研究所、上海市放射医学研究所、肝癌研究所等306个各类研究机构，有先进光子学材料与器件、专用集成电路与系统、应用表面物理、遗传工程、医学神经生物学等5个国家重点实验室，省、部级研究机构39个。2006年底，学校有各类学生39795人，其中博士研究生3974人（含留学生81人）、硕士研究生8235人（含留学生152人）、普通本科生15790人（含留学生1610人）、专科（高职）生636人、成人教育本专科生11160人。学校拥有一支高水平的师资队伍，现有专任教师与科研人员2481人，其中教授、副教授近1400人，中国科学院、中国工程院院士35人（含双聘），博士生导师831人，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授40人、讲座教授14人，“国家重点基础研究发展计划（简称973）”项目首席科学家9人，“***有突出贡献中青年专家”33人。