耶鲁大学最重要的管理特色是“教授治校”，这一特色对美国高等教育产生了巨大影响。

建校初期，经过3代校长 的努力，耶鲁逐渐形成了董事会不具体参与校务管理、而由教授会治校的法规。在当时的美国流传着这样一句话:“普林斯顿董事掌权、哈佛校长当家、耶鲁教授做主”。