学校有共有12个学院：船舶与海洋工程学院、土木与建筑工程学院、机械工程学院、电子信息学院、计算机科学与工程学院、经济管理学院、数理学院、材料科学与工程学院、外国语学院、人文社科学院、生物与环境工程学院、南徐学院。

学校有东、西、南、张家港校区四个校区。东校区在镇江市梦溪路上，离市中心很近，是主校区，除了人文社科学院、生物与环境工程学院、南徐学院这三个学院外其他学院都在东校区。西校区在镇江市四摆渡，属于市郊，是人文社科学院和生物与环境工程学院所在地。另外，所有大一新生（张家港校区、南徐学院、中澳、中法合作办学的新生除外），不论哪个学院，都要先在西校区就读一年或两年（不同学院不同时间）。南校区位于市南徐路上，也属于市郊，是南徐学院的所在地，南徐学院是学校的民办二级学院。张家港校区位于张家港市，部分专业设在那里。