申请硕士日本留学的费用流程如下：

学费

日本国公立大学的学费大约为每年2.5万元人民币。

私立院校的学费较高，大约在每年5-10万元人民币之间。

硕士课程的学费通常按半年支付，具体费用以学校公布的信息为准。

语言费用

日语能力考试（JLPT）N1或N2证书是必要条件，具体费用取决于考生报考的级别。

英语成绩根据专业不同会有不同要求，通常需要提供英语能力证明。

出愿材料

成绩单、毕业证明、学位证明、日语和英语等级证书、履历书、自荐信、研究计划书等。

根据目标专业院校的具体要求，可能还需要提供其他相关材料。

申请时间

申请时间可以从学生大四上学期开始，提前准备，本科毕业后于同年10月赴日开始研究生课程学习。

其他费用

生活费包括住宿、水电费、电话费等，具体费用因个人生活习惯和所在城市而异。

入学金通常在第一年入学时交纳，费用约为5-10万日元。

检定料为1万日元，在提交出愿材料时交纳。

签证申请

申请在留资格，然后办理日本留学签证。

住宿安排

学校宿舍或国际交流会馆的房租约为1万日元左右，其他形式的住宿费用根据个人选择而定。

综上所述，硕士日本留学的总费用大约在每年10~15万元人民币之间，具体费用还需根据所选学校和专业以及个人生活习惯等因素进行调整。建议提前准备，合理安排时间，以确保申请过程的顺利进行。