在日本留学租房时，房租的付款方式如下：

预付房租

房租通常需要按月支付，并且通常在月底前预付下个月的房租。付款方式一般通过银行转账进行。

押金

押金数额通常相当于1-1.5个月的房租。在合同到期时，如果房屋无损，押金将如数退还给房客。

礼金

礼金是一种感谢费，通常为1-2个月的房租。不过，现在越来越多的房子已经不再收取礼金。

公共费（共益费）

公共费包括楼梯、通道、公用厕所等公用部分的电费、水费、清扫费和管理费等。这部分费用一般由所有房客共同承担。

维修费（管理费）

维修费是用于大楼所有房客的每月维护费用，数额较小。

火灾保险费

火灾保险费是用于购买火灾保险的费用，一般每年约为2万日元左右。

钥匙更换费

钥匙更换费大约在16000-20000日元之间。

其他费用

其他费用包括清洁费、违约金等。清洁费在退房时需要支付，大约为10000-20000日元。违约金在签订合同时约定，提前搬走或提前终止合同需要支付1个月租金的罚金。

建议

选择中介：如果对租房流程不熟悉，建议选择专业的租房中介机构，他们可以提供专业的咨询和帮助，避免因不了解当地规定而产生不必要的麻烦。

记录证据：在搬入和搬出时，务必记录房屋的现状，以便日后维护自己的权益。