留学机构代办签证通常遵循以下步骤：

确认递签资料

查阅目标国家领事馆的官方网站，了解所需的签证材料清单。

联系代办机构确认是否有额外材料需要准备。

准备递签资料

根据所在城市和目标领事馆的要求准备相应的材料。

大部分城市可向日本驻华大使馆递签，部分城市可能属于不同的领事馆管辖。

缴纳签证费用

向代办机构咨询具体的签证费用，并按要求支付。

递交签证材料

将准备好的材料和费用交给代办机构。

确认递签时间，通常由代办机构负责向大使馆递交材料。

等待电话调查

签证审查过程中，可能会接到大使馆的电话调查。

请注意，以上流程可能因国家和领事馆而异，建议直接咨询目标国家的领事馆或通过官方指定的留学机构获取最准确的信息。