日本牙科大学中较为知名的有：

东京医科齿科大学

简称：东京医齿大

英文名称：Tokyo Medical and Dental University

位置：日本东京都文京区

成立时间：1928年

特色：日本最早的公立牙医学教育机构之一，综合大学，包含医学部、齿学部等多个学科和研究机构。

大阪大学

简称：阪大

英文名称：Osaka University

位置：日本大阪府吹田市

特色：综合研究型国立大学，包含口腔医学相关专业。

东北大学

简称：东北大

英文名称：Tohoku University

位置：日本宫城县仙台市

特色：日本顶尖的综合性国立大学之一，包含口腔医学相关专业。

松本齿科大学

简称：齿科大

位置：日本松本市

成立时间：1972年

特色：日本私立大学，专注于口腔医学教育，拥有齿学院和研究生院齿学研究科。