动画专业研究生选择学校时，可以考虑以下几个因素：

学术声誉和排名

清华大学美术学院：享有较高声誉，竞争激烈，适合追求学历和学术深度的学生。

北京电影学院：动画专业历史悠久，培养了许多著名动画人才，注重实战经验。

中国传媒大学：在动画产业方面培养人才，注重动画创作与产业结合。

专业方向

动画创作与研究、动画艺术理论研究、动画产业研究等。

动画编导、动画设计、数字动画、游戏设计等专业方向。

师资力量和实验室资源

学校是否提供丰富的动画制作和创作资源，如动画实验室、游戏实验室等。

行业认可度和就业前景

选择业内认可度高的学校，如中传、北电等，有利于毕业后获得更好的就业机会。

个人兴趣和职业规划

考虑自己的兴趣和职业目标，选择与之相匹配的学校和专业方向。

考试难度和招生情况

了解目标学校的考研难度、招生人数和报录比，选择适合自己的学校。

根据以上因素，以下是一些建议：

顶尖院校：清华大学美术学院、北京电影学院、中国传媒大学。

专业美院：中央美术学院、中国美术学院、四川美术学院等。

综合院校：如同济大学、中国人民大学等985或211工程院校，以及南京艺术学院、南京师范大学等。

留学选择：谢尔丹学院、加州艺术学院、伯恩茅斯大学等。

请根据您的个人情况和目标，综合考虑以上建议，选择最适合您的动画专业研究生院校。