日本国公立大学的博士课程学费通常较为统一，以东京大学和京都大学为例，博士课程的学费大致如下：

东京大学：每年学费为520,800日元，折合人民币大约为2.6万元。

京都大学：每年学费为535,800日元，折合人民币大约为2.7万元。

私立大学的博士课程学费则没有统一标准，费用会根据不同的学校、研究科甚至专业有所不同。例如，早稻田大学政治学研究科的博士课程费用如下：

率先年费用（学费、入学金加上诸会费）合计为3.36万元。

第二年费用（学费加诸会费）合计为3.35万元。

第三年费用（学费加诸会费）合计为3.35万元。

需要注意的是，这些费用仅为学费本身，并不包括生活费、住宿费等其他开支。此外，日本博士课程的学制通常是3年，但医学、牙医学等专业可能是4年。