别府大学开设的专业包括但不限于以下领域：

文学部：国文学科、英文学科、史学科、艺术文化学科、文化财学科、人类关系学科。

食物营养科学部：食物营养学科、食物生物学科。

短期大学部：地域综合科学科、保育科、初等教育科、食物营养科。

大学院：文学研究科（博士前期、博士后期课程：历史学专攻、日本语日本文学专攻、文化财学专攻）、临床心理学专攻（修士课程）、食物营养学专攻（修士课程）。

其他学部学科：国际経営学部（国际経営学科、国际経営ｺｰｽ、会计･税理士ｺｰｽ、観光経営ｺｰｽ）、教育･生涯ｽポｰﾂｺｰｽ、食物栄养科学部（食物栄养学科、発酵食品学科）。