办理日本高级人才签证通常需要遵循以下步骤：

设立日本公司

申请人需要在国内拥有一家公司，或找到一家愿意合作的国内企业作为母公司，支持在日本设立分公司。

在日本成立分公司需遵循当地公司法规定，包括确定公司名称、注册资本、经营范围等，并办理相关注册手续。

满足评分要求

申请人需要根据相应的资料填写申请表格，并进行评分，通常需要达到70分以上才能获得签证资格。

提交申请材料

包括身份证明、学历证明、工作证明、收入证明、专业技能证明等。

若已拥有签证，则提交在留资格变更/更新许可申请书。

雇佣条件

申请人需要被日本的企业雇佣，并拥有正规的雇佣合同。

税务规划

年薪设定需达到一定标准，通常为300万日元以上，以符合高度人才签证的申请条件。

办公空间选择

根据实际情况选择合适的办公空间，可以是市中心或偏远地区。

报税

在日本的公司需要按规定报税，包括公司税和个人所得税等。

续签要求

在日无犯罪记录；

保持在日居住；

缴纳公司税费（不要求盈利）；

缴纳个人税费及厚生年金等；

如有员工，需缴纳员工工资及厚生年金。

建议在申请过程中咨询专业的移民机构，他们可以提供材料清单、解答疑问，并帮助准备和提交申请。此外，请参考出入国在留管理局的官方网站获取最新和详细的申请信息。