但尼丁拥有多所著名的大学，其中最为知名的是奥塔哥大学（University of Otago），它位于新西兰南岛奥塔哥省首府但尼丁市，成立于1869年，是新西兰最古老的大学，也是该国第一所大学。奥塔哥大学提供包括消费者与应用科学、牙医学、人类营养学、药学、体育、理疗及测量学等专业在内的综合性教育，拥有商学、健康科学、人文科学、理学四所学院，学生人数超过21700名，其中包括来自世界各地的国际学生。

此外，但尼丁还有奥塔哥理工学院（Otago Polytechnic）和新西兰奥拉克技术学院（Aoraki Polytechnic），它们在新西兰的教育体系中各有特色和侧重点。