美国休斯顿拥有众多高等教育机构，以下是部分著名的大学列表：

莱斯大学 （Rice University）

简称：Rice

类型：私立研究型大学

特点：被称为“南方哈佛”

休斯顿大学 （University of Houston, UH）

简称：UH

类型：公立研究型大学

特点：位于市中心东南区，是得克萨斯州的第三大学府

贝勒医学院 （Baylor College of Medicine）

特点：位于德克萨斯医学中心，是世界级的医疗和研究机构之一

西南医学中心 （Texas Medical Center）

特点：汇聚了包括MD Anderson癌症中心在内的多所世界一流医疗和研究机构

休斯顿大学清湖分校 （University of Houston–Clear Lake, UHCL）

特点：休斯顿大学的另一个校区

圣·托马斯大学 （St. Thomas University）

特点：提供多种学术课程

休斯顿地区共有55所大学和学院，以上列举的只是其中一部分知名学府。